北醫創設於1960年，從一開始以培育臨床醫療人員為主的臺北醫學院，逐步蛻變成設有十一個學院，並包含三家主要附屬醫院的醫學大學體系。學校的設立與發展，在以培育兼具人文關懷、創新能力，及國際視野的醫療生技人才，從事醫療保健、生命科學研究，及服務社會之目標為宗旨。在這樣的發展歷程中，特別在現今醫療擴及心理健康領域並注重全人的趨勢下，臨床心理人員的培育，成為一個必須的重要環節。

北醫大早有設置臨床心理學研究所的倡議，但直到自成大心理系借調楊政達教授出任人文暨社會科學院院長，與時任人社院副院長後轉任台大心理系的曾祥非教授共同籌畫，並向教育部提出申請。後續經由醫學院全力支持下，經過幾次的計畫修正，終於獲得教育部核可，於 115 學年度正式成立。

這所全新成立的研究所，將結合北醫大豐沛的臨床醫學資源，全力培育兼具人文關懷與實務能力的即用型臨床心理專業人才。本所期待秉持「科學實踐者（Scientist-practitioner）」的訓練模式，讓所內學生兼具嚴謹的科學研究思維與臨床實務技能；也將緊密與本校三家主要附屬醫院合作，作為本所學生教學訓練乃至研究的臨床訓練場域。由所內五位專任教師，結合北醫大其他系所多位具心理學以及神經科學專長之專任教師，輔以附屬醫院中合計超過三十位經驗豐富的臨床心理師，期能在修業年限內，完成臨床心理學基礎學術訓練，並培育學生掌握最實戰力的心理衡鑑與心理治療技巧。